《头号外交官》第二季主要讲述了美国大使凯特·怀勒在伦敦市中心遭遇致命爆炸后,努力重建生活和团队的故事。这场爆炸导致她被派往英国,而她发现袭击并非来自敌对国家,而是来自英国政府内部。在追查真相的过程中,她唯一的盟友是她的准前夫哈尔·怀勒,同时她还要面对岌岌可危的婚姻、与英国外交大臣奥斯汀·丹尼森的复杂关系,以及来自副总统格雷斯佩恩的威胁性访问。