芬奇和里瑟成功保护了“机器”核心并在根的帮助下重建了“机器”，与此同时“撒马利亚人”组织对他们一伙人的追杀仍在持续着。在“机器”的掩护下，他们继续隐藏身份维持正义，制止犯罪。肖被“撒马利亚人”控制着并试图通过她找到“机器”的下落，但肖通过顽强的意志成功逃了出来并与根他们会合。芬奇不小心暴露了行踪，“撒马利亚人”的杀手对他们展开了穷追不舍的追杀，最终芬奇的好友根和以利亚在保护芬奇的途中牺牲。悲痛的芬奇决定放弃自己那一直谨守的规则与“撒马利亚人”正式开战，他盗取了电脑病毒冰封9来对抗“撒马利亚人”，最终在里瑟和肖的帮助下他成功开启了病毒，为了解决掉“撒马利亚人”的最后备份，芬奇和里瑟做出了最后的努力，最终“撒马利亚人”被彻底摧毁，而“机器”用自己留存下来的备份重获新生并继续着自己的使命。