《沙娜拉之剑》的故事发生在人类文明毁灭数千年之后的「新人 类世界」中，远古的邪恶力量日渐复苏，笼罩北方的阴云将扩散至四方大陆。在和平的穴地谷，身上有着一半精灵血统的夏伊是沙娜拉血脉（一个世代具有魔法的家族）留存在这世上的仅存后裔，也是能使用传奇武器「沙娜拉之剑」对抗黑暗势力的最后传人。
