神盾局瓦解后，菲尔·考森在前神盾局局长尼克·弗瑞的暗中允许下开始重建组织、收拾残局，除了招募新人最重要的事情，就是必须建立起与政府机构的信任桥梁。同时，考森在领队在世界各地全力搜查犯罪组织“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则是成为他们唯一的线索。考森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头，同时发觉自己的自控能力越来越差，一昧地在墙上刻下神秘图文，甚至为了查明真相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危机。
